يختص قسم الشكاوي والتحقيقات الطبية في الهيئة بدراسة الشكاوى والتكليفات القضائية المتعلقة بالأخطاء الطبية والمساءلة التأديبية عن الأخطاء الطبية والمخالفات الخاصة باخلاقيات وقانون ممارسة المهن الصحية في مملكة البحرين. كما تقوم الوحدة أيضا بدراسة الحوادث التي يتم ابلاغ الهيئة عنها من قبل مرافق الرعاية الصحية ومقدميها. يتم التعامل مع جميع الشكاوى بأقصى قدر من السرية والمساواة في الاعتبار ووفقا لقواعد وأنظمة الهيئة. وتعطى الأولوية للشكاوى التي تدعي حدوث خطأ / إهمال ينطوي على الوفاة أو ضرر جسيم وتلك التي تشكل تهديدا مباشرا على الصحة أو السلامة العامة.